giab-benchmark-validator
Genome in a Bottle benchmark validation skill for pipeline accuracy assessment
它会碰到什么
扫了多少1 个文本文件，1 KB
它会碰到什么不碰外部（只输出文字）
命中总数0 处
命中统计严重 0 · 高 0 · 中 0 · 低 0
这一栏是扫描器报的事实，不是结论。命中多不等于有毒（安全工具、规则库、示例脚本本来就会包含危险写法），命中少也不等于干净。它和你手上的凭据、文件、网络有什么关系，需要你自己看。
技能内容
GIAB Benchmark Validator Skill
Purpose
Enable Genome in a Bottle benchmark validation for pipeline accuracy assessment.
Capabilities
- Truth set comparison
- hap.py/vcfeval execution
- Sensitivity/specificity calculation
- Stratified performance metrics
- Difficult region analysis
- Validation report generation
Usage Guidelines
- Use appropriate GIAB reference samples
- Compare against truth sets with hap.py
- Calculate sensitivity and specificity
- Stratify by region type and variant class
- Analyze performance in difficult regions
- Generate comprehensive validation reports
Dependencies
- hap.py
- vcfeval
- GIAB resources
Process Integration
- Analysis Pipeline Validation (pipeline-validation)
- Whole Genome Sequencing Pipeline (wgs-analysis-pipeline)
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它属于哪个仓库
星标★ 1,796
本站分层T1
该仓技能数2115
原文件路径
library/specializations/domains/science/bioinformatics/skills/giab-benchmark-validator/SKILL.md